เทคโนโลยีการกรองขั้นสูงช่วยควบคุมสิ่งปนเปื้อนให้ได้สูงสุด
ระบบกรองที่ผสานรวมอยู่ในกล่องผ่านสะอาด (Clean Pass Box) คุณภาพสูง ถือเป็นหัวใจทางเทคโนโลยีของความสามารถในการควบคุมการปนเปื้อน โดยใช้กระบวนการฟอกอากาศแบบหลายขั้นตอน เพื่อสร้างสภาพแวดล้อมที่มีความสะอาดเทียบเคียงหรือเหนือกว่าพื้นที่ที่เชื่อมต่อกัน ตัวกรองอากาศชนิด HEPA (High-Efficiency Particulate Air) ทำหน้าที่เป็นแนวป้องกันหลัก ดักจับอนุภาคขนาดจิ๋วที่อาจส่งผลเสียต่อความสมบูรณ์ของผลิตภัณฑ์หรือผลลัพธ์ของการทดลอง ตัวกรองเหล่านี้ใช้โครงสร้างเส้นใยที่เรียงตัวแน่นเป็นพิเศษ ซึ่งสร้างเส้นทางการไหลของอากาศที่คดเคี้ยว บังคับให้อนุภาคชนเข้ากับวัสดุกรองผ่านกลไกสามประการ ได้แก่ การกระจายตัว (diffusion), การดักจับโดยตรง (interception) และการกระแทก (impaction) อัตราประสิทธิภาพของตัวกรองมักสูงถึงร้อยละ 99.995 หรือมากกว่านั้น สำหรับอนุภาคขนาด 0.3 ไมครอน ซึ่งเป็นขนาดของอนุภาคที่สามารถผ่านตัวกรองได้ง่ายที่สุด และจึงถือเป็นความท้าทายสูงสุดในการกรอง ระดับประสิทธิภาพนี้รับประกันว่าแม้แต่อนุภาคละเอียดยิ่งกว่า 1 ไมครอน เช่น แบคทีเรีย สปอร์ของเชื้อรา และอนุภาคไวรัส ก็จะไม่สามารถผ่านแนวป้องกันการกรองได้ โมเดลกล่องผ่านสะอาดขั้นสูงหลายรุ่นยังมีระบบกรองเบื้องต้น (pre-filtration) ซึ่งช่วยยืดอายุการใช้งานของตัวกรอง HEPA หลัก โดยดักจับอนุภาคขนาดใหญ่ก่อนที่จะถึงวัสดุกรองประสิทธิภาพสูง ลดความถี่ในการเปลี่ยนตัวกรองและลดต้นทุนการดำเนินงานระยะยาวลง รูปแบบการไหลของอากาศภายในห้องปฏิบัติการถูกออกแบบให้เกิดการไหลแบบลามินาร์ (laminar flow) ซึ่งพัดพาอนุภาคไปยังระบบกรองโดยตรง แทนที่จะปล่อยให้ตกทับบนพื้นผิวหรือหมุนเวียนกลับเข้าสู่พื้นที่ถ่ายโอน ความต่างของแรงดันบวก (positive pressure differential) ที่รักษาระดับไว้โดยระบบกรอง ทำให้อากาศไหลจากฝั่งที่สะอาดกว่าไปยังสภาพแวดล้อมที่ควบคุมน้อยกว่าเสมอ ป้องกันการไหลย้อนกลับของสารปนเปื้อนแม้ในระหว่างการเปิด-ปิดประตู นอกจากนี้ การหมุนเวียนอากาศอย่างต่อเนื่องที่ระบบกรองจัดให้ ยังช่วยรักษาเสถียรภาพของอุณหภูมิและความชื้นภายในห้องถ่ายโอน ปกป้องวัสดุที่ไวต่อสภาวะแวดล้อมจากการเปลี่ยนแปลงขณะดำเนินการถ่ายโอนอย่างปลอดภัย การทดสอบความสมบูรณ์ของตัวกรองอย่างสม่ำเสมอ โดยใช้วิธีโฟโตเมตริก (photometric) หรือการนับจำนวนอนุภาค (particle counting) จะยืนยันประสิทธิภาพการใช้งานอย่างต่อเนื่อง และระบุความเสื่อมของตัวกรองก่อนที่จะส่งผลกระทบต่อระดับการป้องกัน โครงสร้างตัวกรองแบบโมดูลาร์ (modular filter design) ที่ใช้ในหน่วยคุณภาพสูง ช่วยให้สามารถเปลี่ยนตัวกรองได้อย่างรวดเร็วโดยไม่จำเป็นต้องใช้เครื่องมือพิเศษหรือหยุดการผลิตเป็นเวลานาน จึงลดการรบกวนต่อตารางการผลิตให้น้อยที่สุด ระบบกล่องผ่านสะอาดขั้นสูงบางระบบยังติดตั้งมาตรวัดความต่างของแรงดัน (differential pressure gauges) ที่ให้การตรวจสอบแบบเรียลไทม์เกี่ยวกับระดับการสะสมสิ่งสกปรกบนตัวกรอง (filter loading) และแจ้งเตือนเจ้าหน้าที่บำรุงรักษาเมื่อตัวกรองใกล้หมดอายุการใช้งานที่มีประสิทธิภาพ