เทคโนโลยีการกรองขั้นสูงช่วยให้กำจัดอนุภาคได้สูงสุด
รากฐานสำคัญของระบบห้องสะอาดที่มีประสิทธิภาพอยู่ที่เทคโนโลยีการกรองอากาศอันล้ำสมัย ซึ่งใช้กระบวนการฟอกอากาศหลายขั้นตอนเพื่อบรรลุระดับความสะอาดที่เหนือชั้นยิ่งกว่าที่เคยมีมา ตัวกรองอากาศชนิด HEPA (High-Efficiency Particulate Air) ทำหน้าที่เป็นแนวป้องกันหลัก โดยสามารถจับอนุภาคได้ถึงร้อยละ 99.97 ที่มีขนาดตั้งแต่ 0.3 ไมครอนขึ้นไป ผ่านกลไกการดักจับ (interception), การกระแทก (impaction) และการแพร่กระจาย (diffusion) ตัวกรองเหล่านี้ใช้โครงสร้างเส้นใยที่เรียงตัวแน่นหนา สร้างทางเดินที่คดเคี้ยวสำหรับโมเลกุลของอากาศ บังคับให้อนุภาคชนเข้ากับวัสดุกรอง ซึ่งแรงเวนเดอร์วาลส์ (van der Waals forces) จะยึดอนุภาคเหล่านั้นไว้แบบถาวร ตัวกรองอากาศชนิด ULPA (Ultra-Low Penetration Air) ยกระดับความสามารถในการกรองให้สูงยิ่งขึ้น โดยสามารถกำจัดอนุภาคได้ถึงร้อยละ 99.9995 ที่มีขนาดลงได้ถึง 0.12 ไมครอน จึงจำเป็นอย่างยิ่งสำหรับการใช้งานที่ต้องการความสะอาดสูงสุด เช่น กระบวนการผลิตชิ้นส่วนเซมิคอนดักเตอร์และการบรรจุยาในสภาพปลอดเชื้อในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ระบบการกรองทำงานอย่างต่อเนื่อง โดยหมุนเวียนและประมวลผลอากาศทั้งหมดภายในห้องหลายรอบต่อชั่วโมง เพื่อรักษาระดับความสะอาดอย่างสม่ำเสมอ แม้ในช่วงเวลาที่มีการผลิตจริงซึ่งอัตราการเกิดอนุภาคจะเพิ่มสูงขึ้น ตัวกรองเบื้องต้น (pre-filters) ทำหน้าที่ปกป้องตัวกรองขั้นสุดท้ายที่มีราคาแพง โดยการกำจัดอนุภาคขนาดใหญ่ก่อนที่จะเข้าสู่ขั้นตอนการกรองขั้นวิกฤต ซึ่งช่วยยืดอายุการใช้งานของตัวกรองและลดต้นทุนการบำรุงรักษา การจัดวางตำแหน่งของตัวกรองอย่างมีกลยุทธ์ ไม่ว่าจะบนเพดานหรือผนัง จะสร้างรูปแบบการไหลของอากาศอย่างสม่ำเสมอ ซึ่งพัดพาอนุภาคไปยังช่องรับอากาศกลับ (return air grilles) ป้องกันการเกิดโซนนิ่ง (dead zones) ที่อาจทำให้สิ่งสกปรกสะสม ระบบห้องสะอาดรุ่นใหม่ๆ ผสานเทคโนโลยีการตรวจสอบตัวกรอง ซึ่งวัดความต่างของความดัน (pressure differential) ระหว่างแต่ละธนาคารของตัวกรอง และแจ้งเตือนเจ้าหน้าที่บำรุงรักษาเมื่อตัวกรองใกล้ถึงจุดอิ่มตัวและจำเป็นต้องเปลี่ยนก่อนที่ประสิทธิภาพจะลดลง แนวทางการบำรุงรักษาเชิงคาดการณ์นี้ช่วยป้องกันความล้มเหลวของระบบโดยไม่คาดคิด และรับประกันความต่อเนื่องของตารางการผลิต นอกเหนือจากอนุภาคแล้ว เทคโนโลยีการกรองยังจัดการกับสารปนเปื้อนในรูปแบบก๊าซผ่านตัวกรองคาร์บอนกัมมันต์ (activated carbon filters) และระบบกำจัดสารเคมี (chemical scrubbers) ซึ่งสามารถขจัดสารอินทรีย์ระเหยง่าย (VOCs), กลิ่น และไอระเหยที่กัดกร่อน ซึ่งอาจส่งผลต่อคุณภาพผลิตภัณฑ์หรือความปลอดภัยของผู้ปฏิบัติงาน บางระบบที่มีความก้าวหน้ามากยิ่งขึ้นยังผสานเทคโนโลยีการออกซิเดชันด้วยโฟโตแคตาไลซิส (photocatalytic oxidation) ซึ่งสามารถสลายโมเลกุลสารอินทรีย์ในระดับโมเลกุล จึงเสริมเกราะป้องกันเพิ่มเติมต่อการปนเปื้อนทางเคมี โครงสร้างแบบโมดูลาร์ของระบบการกรองรุ่นใหม่ ช่วยให้สถานประกอบการสามารถอัปเกรดหรือปรับเปลี่ยนความสามารถในการฟอกอากาศได้ตามความต้องการที่เปลี่ยนแปลงไป ทั้งยังคุ้มครองการลงทุนครั้งแรกไว้ด้วย ในขณะเดียวกันก็รองรับความต้องการในอนาคตได้อย่างยืดหยุ่น ความยืดหยุ่นนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งต่อผู้ผลิตแบบรับจ้าง (contract manufacturers) ที่ให้บริการลูกค้าในหลากหลายอุตสาหกรรมซึ่งมีมาตรฐานความสะอาดที่แตกต่างกัน ทำให้สามารถปรับจัดพื้นที่ใหม่ได้อย่างรวดเร็วระหว่างโครงการต่างๆ โดยไม่จำเป็นต้องหยุดการผลิตเป็นเวลานานหรือลงทุนเพิ่มเติม